Moleküler Filogeni Hikâyesi (Bilim 'Yaratılış' Diyor-23)
Filogeni, evrimci düşünce açısından dogmatik ve sırlı bir değer atfedilen önemli bir kavramdır. Diğer bir deyişle filogeni, bir grup organizmanın farz edilen hayalî ve peşin hükümlü evrim geçmişidir. Temel mantığı ise bir atadan veya kökten değişik canlı türlerine ait nesillerin dallanarak birbirini takip etmesidir. Son zamanlara kadar filogeniler, canlının anatomik ve fizyolojik özellikleri (meselâ, kemik yapıları veya aort yayları, kalb odacıklarının sayısı gibi) yorumlanarak meydana getirilirdi. Moleküler biyolojinin ortaya çıkışıyla birlikte, artık birçok filogenetik hüküm, "daha bilimsel olması için"(!) DNA ve protein karşılaştırmaları temel alınarak verilmektedir.
Bakterilerden insana kadar, canlı organizmaların hepsi DNA, RNA ve proteinler dediğimiz ortak kimyevî malzemelerden yapılmıştır. Bir DNA molekülü; A, T, G ve C olarak kısaltılan ve nükleotid adını alan dört alt parçanın değişik şekillerde kombinasyonuyla yapılmış uzun bir zincirdir. Bir kitap olarak düşündüğümüz canlı organizmanın şifresini teşkil eden harfler olarak değerlendirebileceğimiz bu nükleotidlerin dizilişlerine göre, mesajcı RNA'nın dizilişi belirlenir. Bu mesajcı RNA'daki özel şifre ile organizmanın proteinlerini meydana getirecek olan aminoasitlerin sıralanması belirlenir. Üreme sırasında, DNA'yı teşkil eden harflerin dizilişi, bir DNA molekülünden diğerine kopyalanır. Bu kopyalama sırasında ortaya çıkabilen ve canlının kaderi açısından bir değeri olan moleküler kazalar veya mutasyonlar, bazen ana molekülden biraz farklı moleküller meydana gelmesine sebep olabilir. Bu yüzden organizmalar, kendi atalarınınkinden bir şekilde farklılaşmış DNA moleküllerine (ve dolayısı ile farklı protein moleküllerine) sahip olabilir.
Emile Zuckerkandl ve Linus Pauling 1962 yılında, organizmaların DNA dizilişlerini ve proteinleri karşılaştırarak, birbirleriyle ne kadar yakın akraba olabileceğini hususunda bir fikir çıkarabileceğimizi öne sürmüşlerdir.1 Canlılar arasında yaratılıştan sahip olunan bir hiyerarşi ve mükemmeliyet derecelenmesi vardır. Bir bakteri de, bir sinek de, çok sanatlıdırlar; hattâ bunlar bir mânâda küçük saatlerin yapımının daha zor olması gibi, akıl almayacak kadar hassas ve mu'cizevî organel ve organlara sahiptirler. Ancak bir kuşa veya memeli hayvana yahut insana nazaran sistemleri daha az komplekstir. Bütün canlılar aynı temel malzemelerden yapıldığı için DNA ve proteinlerin alt birimleri olan bu malzemelerin miktar ve yoğunluğunda da aynı paralelde farklılıklar olması çok normaldir (Şekil–1). Her bilgiyi ideolojileri doğrultusunda yorumlama alışkanlığı ile evrimciler, mutasyonların zaman içinde düzenli olarak biriktiğini kabul etmişler ve organizmalar arasındaki farklılığın, ortak atalarından itibaren kaç yıl içinde gerçekleşebileceğinin hesabına girişmişlerdir. Hâlbuki geçmişte hangi noktada, hangi mutasyonun ne kadar sıklıkla olduğunu gösteren bir bilgi ve delil olmadığı hâlde, evrimciler acaba bu yeni yoldan evrime ulaşabilir miyiz ümidiyle, DNA ve proteinleri "moleküler saat" olarak görmüşlerdir.
Moleküler filogeni üzerindeki ilk çalışmaların çoğu, proteinler üzerinde yapılmıştır; ancak proteinlerin dizilişini belirlemenin yavaş işleyen bir süreç olması ve DNA dizisinin belirlenmesi için daha hızlı tekniklerin geliştirilmesi sebebiyle proteinler yerine, onları kodlayan DNA veya RNA dizilimlerini kullanmak daha yaygınlaşmıştır. DNA dizilerindeki bilginin proteine dönüşmesi, hücre içerisinde moleküler bir makine olarak çalıştırılan ve ribozom olarak adlandırılan organele bağlıdır. Bu organelin yapısındaki RNA'ya ribozomal RNA, (rRNA) denir. 1980 yılında, rRNA'yı kodlayan DNA dizilerinden çok miktarda veri sağlanmıştır.
DNA ve RNA dizilişlerini karşılaştırmak, teoride kolaydır; ama pratikte karmaşık bir süreçtir. Gerçek bir DNA parçası binlerce altyapı ihtiva ettiği için, bir karşılaştırma başlatmak için, bu altyapıların hazırlanması kendi başına zor ve karışık bir iş olduğundan farklı gruplandırmalar çok farklı neticeler verebilir. İki DNA dizisini karşılaştırmaya nereden başlayıp nerede bitireceksiniz? Diziler birbiriyle tam olarak eşleşmediği zaman ne yapacaksınız? Bu tarz uyuşmazlıklar nasıl açıklanacaktır? Eşleştirmeler tamamen aynı bile olsa, bu niçin evrime dâir bağımsız bir delil olarak ele alınmalıdır? Eşleşmenin aynı olması, organizmaların aynı fonksiyonel ihtiyaçlarından dolayı olamaz mı?
Bununla beraber, moleküler karşılaştırmalardan elde edilen neticeler, canlıların tarihinde bazı önemli hâdiselere ışık tutmuştur. Meselâ, moleküler analizleri, fosil kayıtlarından anlaşıldığı üzere birdenbire ortaya çıkan Kambriyen Patlaması'nı çürütmek için kullanmışlar; ancak bu analizlerin neticeleri tutarsız olduğundan problemi çözmekte başarısız olmuştur.
Moleküler saat ne kadar doğrudur?
Kambriyen'de âniden ortaya çıkan ve öncesinde evrimleştiklerine ait hiçbir iz bulunmayan fosiller, evrimcilerin en büyük sıkıntılarından biridir. Fosillerin gösterdiği gibi, hayvan filumları Kambriyen Dönemi'nde birden mi ortaya çıkmıştır, yoksa Darwin teorisinin iddia ettiği gibi, milyonlarca yıl önceki bir ortak atadan yavaşça değişerek mi meydana gelmiştir? Kambriyen fosillerinden DNA, RNA veya protein analizi yapmak imkânsızdır; ancak, moleküler biyologlar, bu molekülleri yaşayan türlerle karşılaştırabilme imkânına sahiptirler. Büyük hayvan filumları arasındaki diziliş farklılıklarının mutasyonlardan kaynaklandığını ve bu mutasyonların çeşitli organizmalarda zaman içerisinde aynı oranda biriktiğini farz eden evrimciler, filumların ne kadar önce aynı ortak ataya sahip olduklarını tahmin etmek üzere, dizilimlerdeki farklılıkları, "moleküler saat" olarak kullanmaktadırlar.
Fakat bu metotla elde edilen tarihler birbirinden epey farklıdır. Bruce Runnegar, ilk tahmin olarak 1982 yılında hayvan filumlarının ilk farklılaşmasının 900–1000 milyon yıl önce olabileceğini söylemiştir.2 Russell Doolittle ve çalışma arkadaşları ise 1996 yılında bu tarihin 670 milyon yıl olduğunu ileri sürmüş,3 Gregory Wray ve arkadaşları ise 1200 milyon yıl olduğunu iddia etmişlerdir.4 Neredeyse yarı yarıya bir fark karşısında nasıl karar vereceksiniz? 670 milyon yıl, fosil kayıtları ile nispeten daha uyumludur. Rakamlar bu kadarla kalmamış, 1997 yılında Richard Fortey ve çalışma arkadaşları daha eski bir tarihi belirlerken,5 1998 yılında Francisco Ayala ve arkadaşları daha yakın bir tarihten bahsetmektedirler.6 Ancak bu iki tarih arasında da 530 milyon yıllık bir fark vardır.
Amerikalı genetikçi Kenneth Halanych'e göre: "Tahminlerdeki uyuşmazlık, bu tarz eski olayların tarihinin belirlenmesindeki güvensizliği göstermektedir."7 Paleontolog James Valentine, David Jablonski ve Douglas Erwin'e göre; "kullanılan teknik ya da moleküle bağlı olarak", tahminlerin yüzlerce milyon yıllık farklılıklar göstermesinden dolayı, "en azından filumların ayrılması hususunda, moleküler saatin doğruluğu hâlâ problemlidir." Valentine ve arkadaşları, Kambriyen Patlaması hakkında; "fosil kayıtlarının birinci ve esas delil olma özelliğini sürdürdüğünü ve moleküler verilerin bu gerçeğin üstünü örtemediğini"8 düşünmektedirler. Moleküler analizler Kambriyen Patlaması'nın zamanını çözmeye yetmediği gibi, o dönemde yaratılan hayvan filumlarının akrabalıklarını çözme açısından da başarısız olmuştur.
Anatomik karakterlerine bakarak yapılan bir evrimci sistematikte, omurgalılar eklembacaklılara, nematodlardan (yuvarlak solucanlar) daha yakın bir akrabalık içinde gösterilir. Ancak, 1977 yılında, Anne Marie ve çalışma arkadaşları, hayvanların yakınlık ilişkilerinde, rRNA'larını karşılaştırmayı temel alarak köklü bir değişiklik öne sürmüştür. Buna göre, insanlar, söylendiği gibi böceklere yuvarlak solucanlardan daha yakın değildir.9
Daha sonra anlaşıldığına göre, hangi rRNA'nın analiz edildiğine ve hattâ hangi lâboratuvarın bu analizi yaptığına bağlı olarak(!), hayvan filumlarının moleküler filogenileri farklılık göstermektedir. Evrimci olmasına ve moleküler filogeniden çok ümitli olmasına rağmen biyolog Michael Lynch şöyle itirafta bulunmaktadır: "Büyük hayvan filumlarının filogenik münasebetlerinin açıklığa kavuşması, farklı genler üzerindeki analizler ve hatta aynı genler üzerindeki farklı analizlerin, farklı filogenik ağaçlar ortaya koyması yüzünden, içinden çıkılması zor bir problem hâlini almıştır"10
Çok sayıda bilim adamının devam eden gayretlerine rağmen, büyük hayvan gruplarının moleküler filogenileri arasındaki çelişkiler artarak devam etmektedir. 2002 yılında, Pensilvanya Eyalet Üniversitesi biyologlarından Jaime E. Blair, arkadaşlarıyla birlikte 100'den fazla protein sıralanmasını karşılaştırmış ve şu neticeye varmıştır: "Nematodlar ile eklembacaklıların gruplandırılması, 18s rRNA'lık tek bir genin, analiz edilmesinden kaynaklanan sun'î bir durumdur. Sadece bir veya birkaç genin analizinden çıkan değişmelere dikkat edilmesi gerektiğini gösterir... Bizim sonuçlarımız göstermektedir ki, böcekler (eklembacaklılar), genetik olarak insanlara (omurgalılara), nematodlardan daha fazla yakındır."11
Millî Biyoteknolojik Bilgi Merkezi araştırmacılarından Yuri I. Wolf ve çalışma arkadaşları, 2004 yılında üç farklı filogenetik metot kullanarak 500'ün üzerinde proteini incelemişler ve sineklerle omurgalıları bir araya getirirken, nematodları dışarıda bırakmışlardır.12 Bunu takip eden yıllarda, Fransız biyolog Herve Philippe ve çalışma arkadaşları da, 12 hayvan filumuna dâhil 35 türü ve 146 geni analiz ettiklerinde, tam aksine eklembacaklılar ile nematodları akraba yapıp, omurgalıları dışarıda bırakmıştır.13
Tartışma devam etmektedir ve nerede biteceği ve hattâ bitip bitmeyeceği meçhuldür. Edinburg Üniversitesi'nden evrimci biyologlar Martin Jones ve Mark Blaxter: "Ders kitapları her şeyi çok kesinmiş gibi yazsa da, 150 yıldan beri delil adına toplanmış birçok veri olsa da, hayvanların büyük grupları (filumları) arasındaki nasıl bir münasebet olduğu tartışmalı bir konu olarak kalmıştır."14 der. Biyolog Antonis Rokas ve çalışma arkadaşları 2005 yılında, on yedi hayvan grubundan elli geni analiz etmek için iki farklı metot kullanmışlar ve "farklı filogenetik analizlerin her birinden çelişkili yorumlara ulaşabileceğini'' belirterek, filumlar arasındaki akrabalık münasebetinin "çözülmeden kaldığı" neticesine varmışlardır.15
Moleküler analizler, hem Kambriyen Patlaması'nın tarihinin belirlenmesinde hem de patlamada yaratılan filumların yakınlık münasebetlerini bulmakta başarısız olmuştur. Bu durumda bütün biyologlar, canlıların ortak atasını bulmak için molekülleri kullanırlarsa aslında, moleküler metotların başarısızlığı daha da vurgulanmış olur.
Evrimcilerin büyük ümitlerle bekledikleri "evrensel ortak atayı" belirlemek ve her şeyi içine alan hayat ağacını inşa etmek için 1980'li yıllarda 18s rRNA'nın kullanımına öncülük eden Illinois (Urbana) Üniversitesi mikrobiyologu Carl R. Woese'dir. Ancak, 1990'ların sonlarına doğru, ciddi problemler ortaya çıkmıştır. Kaliforniya (Los Angeles) Üniversitesi'ndeki araştırmacıların ifadesiyle: "Bilim adamları, farklı organizmalardan çok çeşitli genleri analiz etmeye başladıkça, bu genler temel alınarak inşa edilen akrabalık münasebetlerinin, rRNA analizinden elde dilen evrimci hayat ağacından farklılıklar gösterdiğini bulmuşlardır."16 Philippe ve Forterre de benzer bir ifadeyle şunları söylemektedir: "Daha çok dizi kullanıldıkça, çoğu protein filogenetiklerinin, rRNA ağacında olduğu gibi birbirleriyle de çeliştikleri ortaya çıkacaktır."17
Woese'nin bu konudaki tespiti ve neticede geldiği nokta şu ifadelerle anlatılmaktadır: "Şimdiye kadar üretilen çok sayıda proteine bağlı mukayeseli çalışmalardan, uyumlu hiçbir filogenetik organizasyon çıkmamıştır. İlkel organizmalar genlerinin ve proteinlerinin çoğunu, modifikasyonla Darwinci bir menşe'den değil, doğrudan bütün organizmaların ortak malzemesinin kompleks moleküller hâlinde bulunduğu bir tür çorbadan almışlardır."18
Dalhousie Üniversitesi'nden evrimci biyolog W. Ford Doolitte, moleküler filogeninin belki de asla canlılara ait "doğru ağacı" bulamayacağı mânâsına geldiğini belirtmiş ve bunun sebebinin de, moleküler filogeni araştırmalarında yanlış metotlar veya yanlış genler kullanılması değil, "canlıların tarihçesinin gerçek mânâda bir ağaçla temsil edilemeyeceği" olduğu neticesine varmıştır. Doolitte, ayrıca "Belki de, moleküler verilerin Darwin tarafından öne sürülen kalıba sokulmaya zorlanmasından vazgeçilmesi daha kolay ve uzun vadede daha faydalı olacaktır.''19 dedikten sonra bir ağaç yerine "ağ benzeri bir yapı teklif" etmiştir.20 Daha sonra bu fikri geliştirerek hayat ağacını ağ benzeri "hayat sentezi" ile yer değiştirmeyi teklif etmişlerdir.21
İngiliz biyologlar Colin Patterson, David Williams ve Christopher Humphries, 1993 yılında, "Moleküler filogeniler arasındaki uyum, morfolojideki uyum kadar, tespiti zor bir şeydir." diye yazmışlardır.22 Şimdiye kadar gördüğümüz kadarıyla, aynı organizmadaki farklı genlerin karşılaştırılması farklı filogenilere sebep olmaktadır. Aynı organizmadaki aynı genlere ait ancak farklı lâboratuvarlarda yapılan karşılaştırmalar da farklı filogenileri netice vermektedir. Bu yüzden, moleküler filogeniler bir biri ile çeliştiği zaman, onların arasından birini seçmenin tek yolu, ortak ataya dâir bağımsız bir bilgiye sahip olmaktır; fakat böyle bir şey mümkün değildir.
Aslında bütün canlıların ağ benzeri yatay bir organizasyonla birlikte dikey olarak da bir hiyerarşi göstermesi Yaratıcı'nın isimlerinin sonsuz kombinasyonlarda ve girift tecelli etmesini daha kolay kılmaktadır.
Bir kütüphanedeki milyonlarca kitabın her biri ayrı ayrı gâyeler için yazılmış olmasına ve farklı mânâlar ifade etmesine rağmen, 29 harfle yazılmıştır. Bütün kitaplarda ortak harfler gibi birçok ortak kelime de bulunur; hattâ ortak tâbirler ve cümleler de bulunabilir. Ancak hiç kimse bu kitapların ortak bir kitaptan, kendi kendine türediğini söyleyemez. Her kitap bir müellif tarafından bir ilim ve irade ile yazılmıştır. Dolayısıyla aynı dünya şartlarında aynı elementlerle ve kimyevî terkipler kullanılarak yazılmış birer kitap gibi olan her bir canlının, sonsuz bir ilim ve kudret sahibi Yaratıcı tarafından yaratılması dışında bir yol yoktur. Moleküler benzerlikler sadece Yaratıcı'nın birliğinin, benzer mekanizmalarda benzer şifreler kullandığının bir delili olabilir.
Dipnotlar1- Zuckerkandl, E. and Linus Pauling, L.(1962): Molecular Disease, Evolution, and Genetic Heterogeneity. 189-225, in M; Kasha and B. Pullman (eds,), Horizons in Biochemistry (New York: Academic Press, 1962), 200-201.
2- Rurinegar, B.(1982): A Molecular Clock Date for the Origin of the Animal Phyla. Lethaia 15 (1982): 199-205.
3-Doolittle, R.F., D.F., Tsang,S., Cho,G. and Little, E. (1996): Determining Divergence Times of the Major Kingdoms of Living Organisms with a Protein Clock. Science 271: 470-477.
4-Wray, G.A., Jeffrey S. Levinton, J.S. and Leo H. Shapiro, L.H. (1996): Molecular Evidence for Deep Precambrian Divergences among Metazoan Phyla," Science 274: 568-573.
5- Fortey, R.A., Briggs, D.E.G., and Wills, M.A.(1997): The Cambrian Evolutionary 'Explosion' Recalibrated," BioEssays 19: 429-434.
6-Ayala, F.J., Andrey Rzhetsky, A. (1998): Origin of the Metazoan Phyla: Molecular Clocks Confirm Paleontological Estimates. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 95: 606-611.
7- Halanych, K.M.(1998): Considerations for Reconstructing Metazoan History: Signal, Resolution, and Hypothesis Testing. American Zoologist: 929-941.
See also Simon Conway Morris, S.C. (2000): Evolution: Bringing Molecules into the Fold. Cell 100: 1-11.
8- Valentine, J.W., David Jablonski, D. and Douglas H. Erwin, D.H.(1999): Fossils, Molecules and Embryos: New Perspectives on the Cambrian Explosion. Development 126: 851-859.
9-Aguinaldo, A.A., Turbeville, J.M., Linford, L.S., Rivera, M.C., Garey, J.R., Raff, R.A. and Lake, J.A.(1997): Evidence for a Clade of Nematodes, Arthropods and Other Molting Animals. Nature 387: 489-493.
10-Lynch, M.(1999): The Age and Relationships of the Major Animal Phyla. Evolution 53: 319-325.
11- Blair, J.E., Ikeo, K., Gojobori, T., and S. Blair Hedges, S.B.(2002): The Evolutionary Position of Nematodes. Biomed Central Evolutionary Biology 2:7.
12-Wolf, Y.I., Rogozin, I.B., and Koonin, E.V.(2004): Coelomata and Not Ecdysozoa: Evidence From Genome-Wide Phylogenetie Analysis. Genome Research 14: 29-36.
13-Philippe, H., Lartillot, N. and Brinkmann, H. (2005): Multigene Analysis of Bilaterian Animals Corroborate the Moriophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa, and Protostomia. Molecular Biology and Evolution 22: 124:6-1253.
14-Jones, M. and Blaxter, M. (2005): Animal Roots and Shoots. Nature 434: 1076-1077.
15-Rokas, A., Krüger, D. and Sean B. Carroll, S.B. (2005): Animal Evolution and the Molecular Signature of Radiations Compressed in Time. Science 310: 1933-1938.
16-Lake, J.A., Jain, R. and Rivera, M.G. (1999): Mix and Match in the Tree of Life. Science 283: 2027-2028.
17-Hervé Philippe, H. and Patrick Forterre, P. (1999): The Rooting of the Universal Tree of Life Is Not Reliable. Journal of Molecular Evolution 49: 509-523.
18- Woese, C.(1998): The Universal Ancestor. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 95: 6854-6859.
19-Ford Doolittle, W.F. (1999): Phylogenetie Classification and the Universal Tree. Science 284: 2124-2128.
20-Doolittle, W.F.(2000) : Uprooting the Tree of Life. Scientific American 282: 90-95.
21- Doolittle, W.F.(2005): If the Tree of Life Fell, Would We Recognize the Sound? 119-133 in Jan Sapp, ed., Microbial Phylogeny and Evolution: Concepts and Controversies (New York: Oxford University Press, 131.
22- Patterson, C., David M. Williams, D.M. and Christopher J. Humphries, C.J. (1993): Congruence Between Molecular and Morphological Phylogenies," Annual Review of Ecology and Systematics 24: 153–188. Ayrıca bak! Colin Patterson, (1988): Homology in classical and
Molecular Biology. Molecular Biology and Evolution 5: 603–625.
Sistematik Bir Problem Örneği: Pandalar (Bilim 'Yaratılış' Diyor-22)
Evrimcilerin sistematiğe soktukları homoloji ve analoji kavramlarının sun'î ve peşin hükümlü bir ideolojik anlayışla değerlendirilmesi, tabiatta mevcut tek gerçek kategori "tür" kavramının tarifinde de sıkıntılara sebep olmuştur. Evrimcilerin inanç dünyasını sarsan ve içinden çıkılmaz bir duruma sebep olan önemli bir karışıklık, dev pandalar ve daha küçük olan kırmızı pandaların sistematiğinde ortaya çıkmıştır. Her iki panda da, Çin'in güney batısındaki bambu ormanlarının yerli hayvanlarıdır (Şekil–1). Bir yüzyıldan fazla süredir bu iki pandayı inceleyen bilim adamları, bu pandaların, ayıların ait olduğu familyaya mı, yoksa rakunlar ailesine mi ait olduğu konusunda müşterek bir hükme varamamış ve bir karar verememişlerdir. Bu hayvanları sınıflandırmaya yönelik 1869 yılındaki ilk ciddi teşebbüsten bu yana, bu sistematik problem üzerine kırktan fazla büyük çalışma yayımlanmıştır. İşin en hayret verici yanı ise, bu çalışmaların neredeyse yarısında pandaların ayılardan; diğer yarısında ise, rakunlardan olduğu neticesine varılmasıdır. Bu problemin çözülmesindeki başarısızlığı, bir bilim adamı, bir o tarafabir bu tarafa gitme mânâsında "taksonomik pin pon oyunu" olarak tarif etmiştir.
Daha sonra 1964 yılında, Chicago'daki Tabiat Tarihi Müzesi'nde, Omurgalı Anatomisi Müdürü Dwight Davis, tartışılan bu konuda geniş ölçekli kabul gören ve çoğu biyoloğu tatmin eden bir yayın yapmıştır.1 Davis, dev pandaların rakunlarla alâkasının olmadığını ve ayılarla aynı aileden olduğunu, kırmızı pandaların da tam aksine ayılarla değil, rakunlarla aynı soydan oldukları neticesine varmıştır! Daha sonraki zamanlarda biyokimyaya ait biriken bilgiler, dev pandalar ile ayılar arasındaki benzerlik listesini daha da uzatmıştır.
Peki, o zaman, neden biyologlar uzun zaman iki pandanın yakın akrabalar olduğuna, aynı aileye dâhil olduklarına inanmışlardır? Bunun bir sebebi coğrafîdir. Eğer, kırmızı pandalar rakunlara, dev pandalar da ayılara dâhil ise, o zaman, kırmızı pandalar Amerika kıtası dışındaki tek rakun soyudur. Ancak tek kalmış bir rakun soyunun bulunacağı yer açısından Çin, akla en uzak yerdir ve çoğu biyolog için ihtimal dâhilinde değildir. Daha muhtemel olan şey ise, hem dev pandaların hem de kırmızı pandaların rakunlardan olmadığı yahut her ikisinin de rakun olduğudur.
Aynı coğrafik bölgede bulunmalarının yanı sıra, dev ve kırmızı pandalar davranış ve fizikî bakımdan çok sayıda ortak özelliğe sahiptir. Meselâ, her birinin ağız ve burun gibi üst çene bölgeleri benzerdir (Şekil–2). Her ikisinin de burunları kutup ayılarına göre daha kısadır ve çene kemikleri kafalarının arkasına doğru keskin bir şekilde genişlemektedir. Her iki panda da, iri küçük azı dişlerine ve bu özelliklerle koordineli çalışan gelişmiş çiğneme kaslarına sahiptir.
Bu benzerliklerin bazıları dışarıdan çok kolay görülen özellikler olmakla beraber, diğer bazı benzerlikler bu kadar bariz değildir. İki panda da, açıktan görülmeyen çok sayıda bazı özellikleriyle ayılardan farklılık gösterir. Meselâ, iki pandanın da mideleri, sindirim sistemleri ve karaciğerleri birbirine benzer; fakat ayılarınkinden önemli derecede farklılık gösterir. Evrimciler bu benzerliklerin sebebini, kısmen her iki pandanın da bambu ile beslenmesine bağlar. Ancak mesele bu kadar basit değildir. Genetik olarak, dev pandalar, ayılar ile daha çok anatomik ve fizyolojik benzerliğe sahip olmalarına rağmen, genetik olarak dev pandalar kırk iki kromozoma sahiptir ve otuz altı kromozomlu kırmızı pandalara daha yakındır, ayıların çoğu ise yetmiş dört kromozoma sahiptir.
Zoologlar arasında, dev pandalar, en çok "başparmakları" ile tanınır ki, bu başparmak, onlara diğer ayılarda olmayan bir el mahareti kazandırır. Bu yapı, aslında gerçek bir başparmak olmamasına ve diğer parmaklarla kısmen karşılaşmasına rağmen, bir parmak gibi çalışmaktadır (Şekil–3 ve Şekil–4). Aslında bu yapı, bir parmak kemiği olmayıp, radial sesamoid kemik olarak bilinen, bilek kemiklerinden birinin genişlemiş şeklidir. Bu kemik, pandanın bileğindeki diğer kemiklerle uyumlu çalışır. Pandanın pençesinin açma, kapama, dönme vurma ve benzeri bütün hareketlerinde, bu kemiklerden birçoğu çalıştırılır. Dev pandaların bambuları tutma ve soymadaki mahareti gerçekten dikkat çekicidir. Bu faaliyet, pandanın gününün büyük kısmını alır ve genişlemiş radial sesamoidler, pandaların beslenme faaliyetinin başarısında anahtar role sahiptir.
Kırmızı pandaların başparmakları, dev pandalarınki kadar belirgin olmasa da, onlar da benzer yapıda genişlemiş radial sesamoid kemiklerine sahiptir. Her iki pandada sadece bu yapılar değil, bunların destekledikleri diğer yapılar da benzerdir. Meselâ, dışa çeken kaslardaki kirişlerin (tendonların) radial sesamoidlere bağlanma şekilleri ve bilek kemikleri arasındaki çalışma yeri, her iki pandada da aynıdır. Buna ek olarak, dev ve kırmızı pandalar, davranış özellikleri bakımından birçok benzerliğe sahiptir. Meselâ, diğer birçok ayı türünün tersine, her ikisi de kış uykusuna yatmaz.
Her iki panda, öyle benzer özelliklere sahiptir ki, bunlara bir liste hâlinde bakınca her ikisinin de ortak bir atadan geldiğine dâir inandırıcı deliller varmış gibi görünür. Gerçekten de, zoologlar başlangıçta, bu detaylı benzerlikleri homoloji olarak düşünmüşler ve onları ortak ataya sahip olmalarının bir neticesi olarak yorumlamışlar ve bütün pandaları bir ailenin içinde sınıflandırmışlardır. Zoologlar arasında ağır basan, iki pandanın ayrı ailelere mensup olduğu, paylaştıkları ortak özelliklerin de homoloji değil, analoji olduğu görüşünü (convergensi) bir an için kabul edelim. O zaman bu faraziye, bu iki pandanın paylaştıkları özellikleri kendi atalarına ait ailelerden almadıkları ve panda başparmağı (genişlemiş radial sesamoid) gibi çok özel ve seçilmiş yapıların, gelişmelerinin en başından itibaren ayrı ayrı yollardan aynı neticeyi verecek şekilde iki kere evrimleştiği mânâsına gelir. Daha basitleştirirsek, birbirinden çok farklı iki soya ait iki tür, farklı yollarda aynı kaderi yaşamıştır. Bu ise akılların alamayacağı kadar muhal bir tesadüfü teklif etmek demektir. Bunun gibi üst üste gelen iki tesadüf (ki canlılar dünyasında bunun nice benzerleri vardır) şöyle bir problemi akla getirir: Demek ki, benzer özelliklere sahip olmak, evrim ve akrabalık açısından güvenilir bir bilgi değildir! Hayatta kalmaları için hayvanlara verilen bazı özellikler, sadece onların ait oldukları gruba veya aileye verilmeyebilir. Diğer bir tabirle, önemli olan hayatını sürdürmek için işe yarayan bir âlete sahip olmaksa, bu âlet soyları farklı olsa da, benzer şekilde beslenen ve davranan ailelerde ortak bir yapı olarak bulunabilir. Biz panda türlerinin ayılardan mı, yoksa rakunlardan mı evrimleştiği kavgasını yapma yerine, bu hayvanların yaratılışındaki hikmetleri, organlarındaki estetik uyum ve mükemmel sanatı tefekkür etsek daha faydalı olmaz mı?
Darwinizm'in homoloji aldanması
Darwin, "Türlerin Menşei" adlı kitabında, homolojiyi açıklamanın en iyi yolunun, modifikasyonlarla birbirinden türemesiyle olması gerektiğini iddia etmiştir: "Eğer, bütün memeliler, kuşlar ve sürüngenler için hâlen mevcut olan yapılarına uygun bacaklara sahip bir ilkel ata –veya arketip farz edersek o zaman, bir insanın elindeki, bir yarasanın kanadındaki, bir yunusun yüzgecindeki ve bir atın bacağındaki vs. benzer kemik yapılarının, yavaş ve küçük modifikasyonlarla birbirinden türediğiyle açıklanacaktır."2 Darwin, homolojiyi evrim için önemli bir delil olarak görmüş, "sayısız türlerin, cinslerin, ailelerin ve bu dünyayı dolduran insanların hepsinin, her birinin ortak anne babadan kendine ait sınıf veya grup içinde türediği" hususunu bir gerçek gibi kabul etmiştir.3
Ancak, bazı benzer yapılar, keseli ve plasentalı memeliler örneğinde gördüğümüz gibi ortak ata yoluyla elde edilmemektedir. Bunu, biraz önce pandaların başparmağı örneğinde de gördük, zoologlar artık dev panda ile kırmızı pandanın başparmaklarının birbirleri ile ortak ata bağlamında münasebet içinde olduğunu düşünmemektedir. Benzer şekilde, bir ahtapot gözü ile bir insan gözü dikkat çekici şekilde birbirlerine benzemektedir; ancak zoologlar insanların ve ahtapotların atalarının böyle ortak bir göz yapısına sahip olduğunu düşünmemektedir. Tabiî ki bu durumda Darwinistlere tek çıkar yol olarak, bu tarz benzerliklerin "yakınlaşan evrim"in bir neticesi olduğuna inanmak, yani farklı yollardan aynı tesadüfî neticenin ortaya çıktığı gibi bir muhalin nasıl olacağını düşünmek kalmaktadır.
Sadece ortak bir atadan verasetle geçen yapıların, "homolojik" olarak adlandırılmasını garantiye almak için, Darwin'i takip edenler, homolojiyi, ortak atadan kaynaklanan benzerlik mânâsında yeniden tanımlamışlardır. NeoDarwinizm'in prensip mimarlarından biri olan Ernst Mayr'e göre: "1959'dan sonra biyolojik olarak bir mânâ ifade eden tek bir homoloji tanımı vardır: iki organizma, ortak atanın birbirine denk gelen özelliklerinden türediği zaman, bu iki organizmaya homoloji atfedilir."4
Homoloji yeniden tanımlandıktan sonra bile, birbirinden farklı organizmalarda son derece benzer homolog özelliklerin görülmesinin sebebini açıklayacak bir mekanizma olmadan, Darwinci açıklamalar hep eksik kalacaktır. NeoDarwinizm 193040'larda ortaya çıkmaya başladığında, bu problemi çözeceğini iddia etmişti. Onlara göre; "homolog özellikler ortak bir atadan verasetle geçen benzer genlerin bir sonucuydu." Ancak, biyologlar on yıllardan beri, homolog özelliklerin birbirine benzemeyen genlerden kaynaklanabileceğini ve tam aksine benzer genlerin, homolog olmayan özelliklerin temelini oluşturabileceklerini bilmektedirler. Bu yüzden, homolojileri üreten mekanizma bilinmez olarak kalmaya devam etmektedir.
Buna ilâveten, eğer homoloji ortak atadan kaynaklanan benzerlik olarak tanımlanırsa, o zaman, totolojik bir fasit daire şeklindeki bu sebepnetice münasebeti, ortak ata için delil olarak kullanılamaz. Darwin'in omurgalıların ortak atadan gelmesine delil olarak gösterdiği, omurgalıların ön bacaklarındaki benzer kemik yapıları örneğindeki gibi, ön bacakların homolog olup olmadığına karar vermek isteyen bir NeoDarwinist, ilk önce omurgalıların ortak bir atadan gelip gelmediğine karar vermelidir. Diğer bir tabirle, bacakların homolog olarak adlandırılmalarından önce, ortak ata için bir delil bulunması mecburidir. Ancak, tam bu noktada geri dönüp, homolog bacakların ortak ataya işaret ettiğini söylemek bir fasit daire meydana getirir ki, bu durumda ortak ata, homolojiyi, homoloji de ortak atayı belirlemektedir.
Birçok biyolog ve felsefeci, bu totolojinin ve fasit dairenin (kısır döngünün) farkına varmış ve bunu eleştirmektedir. 1945 yılında J. H. Woodger, homolojiye dayanan yeni evrim tanımının "attan önce, arabayı inşa etmek / işi tersinden yapmak" olduğunu yazmıştır.5 Alan Boyden: "Sanki bize yol gösteren benzerlikler olmadan ortak ataları bilebilirmişiz gibi!"6 diyerek, NeoDarwinci homolojinin "ilk olarak atayı bilmeyi, daha sonra da buna göre birbirine karşılık gelen organ veya parçaların homolog olduğuna karar verilmesini" gerektirdiğine dikkati çekmiştir. NeoDarwinci paleontolog George Gaylord Simpson, evrim akrabalığı mânâsını çıkarmak için homolojiyi ortak ata münasebeti olarak kullanmaya çalıştığında, bu totolojik düşünce (devridâimci düşünme) tarzından dolayı Robert Sokal ve Peter Sneath, tarafından eleştirilmiştir.7
Buna rağmen birçok NeoDarwinist, sebepnetice devridaimi suçlamasına aldırmadan, homolojiyi kullanmalarını savunmaya çalışır. Hâlbuki tanımın dayandığı mantık tam bir dogmatik totolojidir. Kendisi de bir evrimci olan David Hull'a göre, evrimci biyologlar, türlerin ilk çıkış kaynağı ile ilgili belirli bir faraziye ile işe başlarlar ve daha sonra benzerlikleri bu hipotezi netleştirmek için kullanırlar. Ancak, ne hikmetse işin ilginç yanı(!) bu metot, sadece ortak ata kavramını doğru sayarak çalışır. Eğer Darwin teorisinin başlangıçta doğru olup olmadığı sorusunu sorarsak, o zaman Hull'un başarılı gibi görünen tahmin yürütme metodu sadece bir başka "totolojik devridaim (kısır döngü)" olur.9
Biyoloji felsefecisi Ronald Brady, açık sözlü bir NeoDarwinizm eleştirmeni olarak şöyle bir gözlemde bulunmuştur: "Açıklanması gereken şartları tarif ederken bunların içerisine, kendi (ideolojik) açıklamalarımızı koyarak, ilmî hipotezler değil, inançlarımızı ifade etmiş oluruz. Açıklamalarımızın doğru olduğuna o kadar inanmışız ki, artık onları açıklamaya çalıştığımız durumdan ayırma adına herhangi bir ihtiyaç görmemekteyiz. Bu tarz dogmatik hevesler, eninde sonunda bilim alanını terk etmek zorunda kalacaktır."10
Bu açıdan bakıldığında bir evrimci, homolojiyi ortak ata inancıyla kabul edebilir; fakat buradan evrime bir delil çıkaramaz. Nitekim buna inanan David Wake: "Ortak ata, homolojinin olmasıdır" demiştir; ona göre "Homoloji, evrimin olması tahmin edilen ve beklenen bir neticesidir, fakat homoloji evrimin delili değildir."11
Homoloji, yapı bakımından ortak bir plâna göre yaratılmayı tarif etmek için kullanılabilir; ama bu kavramın "ortak bir atadan" gelme mânâsında kullanılmasının hiçbir ilmî geçerliliği olmayacaktır.
Fosiller homolojiyi gösterebilir mi?
Bazı zoologlar, homolojinin izlerini belirlemenin en iyi yolunun, iki veya daha fazla organizmadaki benzerliklerin izinin, kesintiye uğramamış fosil organizmalar ile bu organizmaların muhtemel ortak atalarına kadar sürülmesi olduğunu iddia ederler. Ancak, maalesef, fosilleri karşılaştırmak, canlı numuneleri karşılaştırmaktan daha kolay değildir. 1963 yılında, Sokal ve Sneath'in de işaret ettiği gibi, "Fosil delilleri elimizde olsa bile, bu delillerin öncelikle, benzer özelliklerin karşılaştırılması ile yorumlanması gerekir." "Fosillerin arasındaki ortak atadan kaynaklanan homolojiyi temel alarak yorumlamaya dair herhangi bir deneme, içinden çıkmanın mümkün olmadığı bir kısır döngü meydana getirir."7
Aslında, fosil kayıtlarından homoloji münasebeti yorumlamasını yapmak, canlı numunelerden daha zordur; çünkü fosil kayıtları parça parçadır ve fosillerde gerekli olan bütün özellikler korunmaz, yani fosiller normal olarak canlı organizmalardan daha az özelliğe sahiptir.
Kaynaklar
1. Davis, D. D.(1964): The Giant Panda: A Morphological Study of Evolutionary Mechanisms Chicago: Field Museum of Natural History.
2. Darwin, C. (1872): On the Origin of Species, 6th ed. London: John Murray, 383420.
3. Aynı eser: s. 403.
4. Mayr, E. (1932): The Growth of Biological Thought (Cambridge, Mass.: Harvard University Press, 1932), 232, 465.
5. Woodger, J.H. (1945): On Biological Transformations, in W. E. Le Gros Clark and P. B. Medawar (eds.), Essays on Growth and Form Presented to D'Arcy Wentworth Thompson. Oxford, Clarendon Press, p. 109.
6. Boyden, A. (1947): Homology and Analogy. American Midland Naturalist 37: 648669.
7. Sokal, R. R. and Sneath, P. H. A.(1963): Principles of Numerical Taxonomy. San Francisco: Freeman, 21. 5657.
8. Hull, D. L. (1967): Certainty and Circularity in Evolutionary Taxonomy. Evolution 21: 174189.
9. Colless, D. H. (1967): The Phylogerietic Fallacy. Systematic Zoology 16: 289295.
10.Brady, R. H.(1985): On the Independence of Systematica. Cladistics 1: 113126.
11. Wake, D.B.(1999): Homoplasy, Homology and the Problem of 'Sameness' in Biology. Homology, Novartis Symposium 222. Chichester, UK: Wiley 45: 27.
Benzerlikleri Yorumlama (Bilim 'Yaratılış' Diyor-21)
Biyologlar Aristo zamanından beri, farklı organizmaların, farklılıkları yanında bazı benzer yönlerinin de olduğunu müşahede etmekteydi. Canlıların benzerliklerine ve farklılıklarına bakarak yapılan sınıflandırma çalışmaları ile taksonomi bilimi ortaya konulmuştur. Taksonomistler, canlıları sınıflandırma yanında, yaptıkları yorumlarla bu farklılıklardaki düzen ve hiyerarşinin ne mânâya geldiğini de izaha çalışırlar.
Paylaşılan benzerlikler arttıkça, sahip olunan ortak özelliklerin derecesi artar, bu tip benzer hususiyetleri paylaşan organizmaları birbirine daha yakın sınıflandırırız. Bir köpek, bir tilkiden çok, kurda benzer; bunun neticesi olarak, köpekler ve kurtlar aynı cins içerisinde (Canis) sınıflandırılır; tilkiler ise farklı bir cins içinde kabul edilir. Ancak, bir köpek, bir tilkiye, bir kediye benzediğinden daha çok benzemektedir; bu yüzden, köpek ile tilki aynı aile (Canidae) içinde sınıflandırılırken, kediler de başka bir aile içinde (Felidae) sınıflandırılır. Ancak bir köpek, bir kediye, bir ata benzediğinden daha çok benzer; bu yüzden bunlar da aynı takıma (Carnivora) yerleştirilirken, at başka bir takıma dâhil edilir. Buna rağmen yine de bir köpek, bir ata, bir balığa benzediğinden daha çok benzer; bu yüzden ilk ikisi aynı sınıfa (Mammalia) yerleştirilir ve balık da başka bir sınıfa (Osteichthyes) kaydırılır. Fakat bir köpek, bir balığa, solucana benzediğinden daha çok benzer; bu yüzden köpekler ve balıklar aynı filuma (Chordata) alınırken, solucan tamamen başka bir filuma (Annelida) dâhil edilir. Ancak, bir köpekle bir solucan arasında, bir köpekle bir zeytin ağacı arasında bulunandan daha fazla ortak nokta vardır; bu yüzden köpekler ve solucanlar aynı âlemden kabul edilirken (Animalia), zeytin ağacı tamamen farklı bir âlemin (Plantae) türü olur.
Darwin için benzerlik, ortak atadan gelmenin bir neticesidir. O, benzerlikleri, "aile benzerliği, akrabalık ve birbirinden türeme" olarak yorumlar. Evrimcilere göre iki organizma benzerse onlar ortak bir atadan türemişlerdir ve benzerlik derecesi, organizmaların ortak bir ata ile ne kadar yakından alâkalı olduğunu gösterir. Meselâ, bütün memeliler ortak bir vücut plânı üzerine inşa edilmişlerdir (Şekil-1). Evrimciler bu durumu, memelilerin, başlangıçta bu vücut plânına sahip ortak bir atadan türediği mânâsına geldiği şeklinde yorumlar. Böylece, memeliler arasındaki farklılıklar, temel vücut plânının, tabiî seleksiyon baskısı altında, her türde nasıl adaptasyona uğradığını gösterdiği söylenir.
Yaşayan organizmalar olmadığı için, fosilleri ata-oğul münasebeti kurmak için kullanamayız. Yakın zamanda gömülmüş iki insan iskeletini bile mezarlarından çıkararak tanımak istediğinizde tanıtıcı işaretler veya yazılı kayıtlar olmadan, bu iskeletlerin birbiri ile ne kadar yakından alâkalı ve ne derece akraba olduklarını söyleyemeyiz. Sadece onlardan aynı DNA'yı elde ettiğimiz takdirde ikiz olduklarını söyleyebiliriz. Aynı türe ait ve yakın zamanlarda gömülmüş iki iskeletin bile birbirine ne kadar yakın olduğunu söyleyemiyorsak, farklı türlere ait tarih öncesi fosillerin birbirleri ile ne kadar münasebet içinde olduğunu da söyleyemeyiz.
Bu sebepten paleontologlar, evrimci bir akrabalık münasebeti inşa etmek için, benzerlikleri temel almaya girişirler. Darwin'in teorisine göre, iki organizma arasında ne kadar çok sayıda benzerlik varsa, aralarındaki akrabalık bağı da o kadar kuvvetli olmalıdır. Ancak, bu benzerlikleri gerçek mânâsında ve hakikatine uygun yorumlamak çok kolay değildir. Bütün kuşların tüylerinin, balıkların büyük çoğunlukla kemik pullarının veya memelilerin kıllarının olması gibi bariz benzerliklerin ötesine geçildiğinde, hangi organizmaların birlikte sınıflandırılacağına karar vermek zor bir karardır. Sistematik kategoriler arasındaki hem dikey, hem de yatay seviyedeki benzerlikler, her birinden bir parça taşıyan mozaik bir desende görünmektedir.
Yavruları tam gelişmeden doğan keseli memeliler (marsupialia) ile embriyoları gelişmelerini annelerinin rahminde tamamlayan, plasentalı memeliler dikkat çekici tarzda birbirlerine benzer (Şekil-2). Örnek verecek olursak, iskelet yapıları açısından, Kuzey Amerika kurdu ile şuan nesli tükenmiş olan Tasmanya kurtları birbirine çok benzerdir. Çene ve diş yapıları gibi bazı özellikleri bakımından, bu iki kurt neredeyse birbirinden ayırt edilemez (Şekil-3). Ayrıca iki kurdun hayat tarzı ve davranışları da, birbirine oldukça benzemektedir.
Ancak, bu iki hayvan, embriyonik gelişme gibi çok temel bir özellik bakımından birbirinden ayrılır. Bu yüzden taksonomistler bu gelişme farkı sebebiyle, iki kurdu iki ayrı alt sınıfa dâhil ederler. Kuzey Amerika kurtları köpeklerle birlikte ele alınırken, Tasmanya kurtları kangurularla birlikte sınıflandırılır. Darwincilere göre üreme mekanizmasındaki bu farklılık, iki tip kurdun birbiri ile uzaktan akraba olduklarını gösterir ve her birinin diğerinden bağımsız olarak evrimleştiğini gösterir, bu durum yakınlaşan evrim olarak isimlendirilir. Birbirinden ayrı evrim yollarının, benzer çevrede benzer taleplere uygun olarak, birbirinden bağımsız şekilde, benzer özellikleri ortaya çıkardığı iddia edilir. Darwinci faraziyeye göre, Kuzey Amerika kurdunun ortaya çıktığı, seçici rejim ve çevre şartları, Avustralya'dakine öyle çok yaklaşmıştır ki; benzer çevre şartlarına adaptasyon içerisinde, geniş çapta birbirinden ayrılmış iki kurt, neredeyse aynı olacak kadar birbirlerine gittikçe benzemişlerdir(!)
Ancak bu mantık silsilesi içerisinde iki problem vardır:
1- Her iki kurdun geçmişindeki çevreye ait taleplerin benzer olduğu varsayımını deliller desteklememektedir.
2- Çevre talepleri benzer olsa bile, farklı kıtalarda birbirinden ayrı olarak evrimleştiği farz edilen iki organizmanın, tesadüfen bütün bu kadar benzerliği yanında, çok farklı bir üreme sistemine sahip olması da tesadüfle izah edilemez.
Ancak, evrimcilerin eş zamanlı tesadüf beklentileri burada bitmez. Keseli kurtların yanı sıra, Avustralya'da daha bir sürü keseli hayvan yaşamaktadır. Keseli kediler, sincaplar, yaban domuzları, karıncayiyenler, köstebekler ve farelerin hepsinin de plasentalı benzerlerinden farklı görülmeleri, iki ayrı kıtada birbirinden bağımsız, aynı morfolojik tiplerin her birinin, benzer özelliklere sahip bütün bir alt sınıf olarak birlikte evrimleşmiş olmasını gerektirir. Takdir edici, seçici ve tasarruf edici irade sahibi bir Yaratıcı olmadan, yakınlaşan evrimin gerçekleşmiş olması, saflığı zorlayacak kadar tesadüf üstüne tesadüfe ihtiyaç duyar.
Analoji ve homoloji
Keseliler, taksonomi açısından evrimcileri sıkıntıya sokan bir soru ortaya çıkarır: Eğer, sınıflandırmanın temelini benzerlikler oluşturuyorsa, benzerliklerden ibaret bir karakter dizisi diğeri ile çatıştığı zaman ne yapmalıyız? Tasmanya kurdu, çoğu özellikleri açısından çarpıcı şekilde Kuzey Amerika kurduna benzemektedir. Ancak, Tasmanya kurdu bir keselidir ve bu önemli özelliği bakımından kangurulara da benzemektedir. Peki, sınıflandırma şemamızı hangi benzer özelliklere dayandırarak inşa edeceğiz?
Biyolojide, benzer özellikler fonksiyonlara ait veya yapıya ait olmak üzere iki şekilde karşımıza çıkar. Meselâ, kuş kanadının da, sinek kanadının da uçmak için kullanıldığını biliyoruz. Her ikisinin fonksiyonu da aynı şekildedir: Hava akımı, yukarı doğru kanatların yüzeyine çarparak hayvanı havalandırırken, kanat çırpma da ileri doğru itme kuvveti sağlar. Ancak, bir kuş kanadı ile bir sinek kanadının içyapıları birbirinden çok farklıdır. Kuş kanadı, kan damarı ağlarıyla döşenmiş böylece oksijen ve gıda ihtiyacı karşılanan bir etten (kaslardan) meydana gelmiştir. Kanat yapısının sağlamlığı, içerisindeki kemikler ve üzerini örten kaslardan kaynaklanmaktadır. Öte taraftan, sinek kanadı ise, ne kemik ne de damar ihtiva eder. Bir uçurtmanın iskeletini yapan çıtalar gibi, kitin tellerden yapılmış bir ağın üstüne sıkıca gerilmiş olan ince kitin bir zardan meydana gelmiştir.
Kuş kanadı ve sinek kanadı, benzer fonksiyonlar yerine getirmelerine rağmen, farklı anatomik yapıya sahiptirler. Burada, benzerlik, yapı yerine fonksiyondadır. Ancak bu tek imkân ve ihtimal değildir. Tam tersine yapı benzerliği ve fonksiyon farklılığı olan durumlar da yaygındır. Meselâ, yarasa kanadındaki kemik yapısı, kabaca yunus balığının yüzgecindekine veya atın ayak iskeletine benzemektedir; fakat kanat, uçmak için kullanılırken, yüzgeç yüzmek için, bacaklar da koşmak için kullanılır.
Peki, biyolojik sınıflandırma açısından hangi tip benzerlik daha önemlidir: Yapı mı, yoksa fonksiyon mu? Modern taksonominin kurucusu ve evrime de karşı olan Carolus Linnaeus, bu problem ile 1700'lü yılların sonlarında karşı karşıya kalmış ve organizmaları, fonksiyon benzerliği yerine, yapı bakımından benzerliklerini temel alarak sınıflandırmayı tercih etmiştir. Böylece, Linnaeus, vücut yapılarındaki benzerliklerinden dolayı, uçan sinekleri kuşlarla birlikte sınıflandırma yerine, uçmayan diğer böceklerle birlikte sınıflandırmıştır. 1840'larda, İngiliz anatomici Richard Owen fonksiyon benzerliğini, "anoloji", yapı benzerliğini de "homoloji" olarak adlandırmıştır. Owen da sınıflandırmasında Linnaeus gibi fonksiyon yerine yapıya önem verirken, analojinin dış şartlara bağlı olarak birbirinden bağımsız yapılan adaptasyonlarla ortaya çıktığını düşünmüş; homolojinin ise, daha derin bir yapı münasebetini gerektirdiğini ileri sürmüştür. Her iki bilim adamı da organizmaların sınıflandırılmasında yapı benzerliğinin daha güvenilir bir yol gösterici olduğunu düşünmüştür.
Homolog yapıların klâsik örneği olarak sunulan yarasa, yunus, at ve insanın ön bacaklarındaki kemik yapısının benzerliği (Şekil-4), sıcakkanlılık, süt üretimi gibi diğer fizyolojik benzerlikler ile birlikte düşünüldüğünde, dış karakterleri açısından gösterdikleri farklılıklara rağmen, bu dört türün memeliler olarak sınıflandırılmasını makul göstermektedir.
Darwin öncesi devirde yaşamış diğer biyologlar gibi, Owen da, homolog özelliklerin ortak bir yapıdan veya "arketip/ilk örnek"ten kaynaklandığını düşünüyordu. Ancak, bir arketip, Eflatun'un idealist ve ruhanî bir düşüncesi şeklinde anlaşılabileceği gibi, Yaratıcı'nın ilmindeki bir plân Aristocu anlayışla tabiatın yapısındaki bir kalıtım formu veya prototip bir organizma, yahut daha başka şekillerde anlaşılabilir. Hem Owen, hem de Darwin, arketipi, prototip bir organizma olarak düşünmüş olmalarına rağmen Owen bir evrimci değildi ve organizmaların, Yaratıcı tarafından ortak bir plân üzerine inşa edildiği görüşündeydi. Darwin ise, organizmaların kendi kendine ortak bir atadan türediğini düşünmekteydi.
Binalar, mimarî plânlar üzerine inşa edilmektedir. Tek katlı bir gecekondu, iki katlı bir ev, beş katlı bir bina, on katlı bir apartman ile seksen katlı bir gökdelende kullanılan kum, çimento, demir, ağaç ve cam gibi temel inşaat malzemeleri aynıdır; fakat her biri farklı bir plâna ve mimarî özelliğe sahiptir. Fizyolojik ortak bir ihtiyaç olarak ısınmak için hepsinin de ayrı ayrı sistemi vardır. Sırasıyla her biri, kendi yapısına uygun olarak tezek, odun, kömür, doğalgaz veya güneş enerjisi ile ısınır. Fakat aklı başında hiç kimse bu binaların kendi kendine, tesadüfen birbirinden türeyerek evrimleştiğini ve tek katlı evin gökdelene dönüştüğünü söyleyemez. Hepsini de bir mimar, kendi kafasındaki plâna, estetiğe ve ihtiyaçlara göre çizmiş ve inşa etmiştir.
Darwin'e göre, homoloji, evrim açısından ortak atayı destekleyen delildir. Evrimcilere göre, omurgalıların kemik yapısındaki benzerlikler, bütün omurgalıların ortak bir atadan geldiğini gösterir. Bir insan kolu ile bir köpeğin ön bacağına bakalım. Her ikisi de çok benzer tipte kemiklere sahiptir ve her ikisinin kemikleri de bu mantık sahipleri tarafından aynı isimlerle adlandırılmıştır (Şekil-5). Kemik yapılarının da birbirine benzemesine rağmen, ferdî olarak kemikler şekil ve fonksiyon açısından birbirinden oldukça farklıdır. Bir köpek, parmakları ile bir objeyi kavrayamaz veya başparmağını diğer ayak parmaklarının tersine tek başına veya yumruk yapılmış olarak dik tutamaz. İnsan eli ise, üzerinde yürümek veya uzun süre üstünde durmak için yapılmamıştır. Bu sebepten insan kolları ile köpek ön bacakları arasındaki benzerlik, fonksiyonellikten bağımsızdır. Darwinistlere göre ise bunların benzerliği, aynı temel kemik düzenlemesine sahip bir ortak atadan gelmelerindendir.
Nedir bu ortak ata? Darwincilere göre, ortak ata böcek yiyen hayvanların (insectivora) (köstebekler, kirpiler ve sivri burunlu Farelerin dâhil olduğu memeli takımı) bir çeşididir. Bu böcek yiyici memelilerin sırasıyla önce, yarı sucul bir balıktan, sonra antik bir sürüngenden evrimleştiği varsayılmıştır. Balık, kemikli yüzgeçlerini sürüngenin bacaklarına devretmiş, bunlardan da ilk böcekçil memelinin bacakları oluşmuştur(!) Bir yüzgeç; bir at veya köpeğin bacağında işe yaramak için seçilecek en iyi yapı olmasa da, evrimcilerin elinde başka malzeme de yoktur! Evrim sadece var olan maddeler üzerinde işleyebilir. Buna göre, insan eli ve köpek ayaklarının ikisi de, bir balığın yüzgeci ile homologdur. Darwinci evrim, fırsatçı (oportünist) olduğundan, yani ideal parçalar eksik bile olsa, akıllı(!), şuurlu(!) evrim mekanizmaları, mutlak surette var olan parçaları yeniden şekillendirecek ve düzenleyecektir(!) Böylesine bir mantığa siz gülseniz bile, evrimciler bu yolla, bir yüzgeçteki kemiklerin insan elindeki ve bir köpek bacağındaki kemiklere dönüşeceğini kabul ederler.
Evrimciler, fosil kayıtlarındaki boşlukları izah edemedikleri için ara formlara ait fosilleri aramaya devam etmelerine rağmen, bir türden diğerine kesintiye uğramamış bir fosil serisini asla bulamamışlardır. Evrimcilerin ihtiyaç duydukları ortak atalar, fosil kayıtlarında eksiktir ve bu da büyük organizma grupları arasında aşırı derecede boşluklar meydana getirmektedir. Bu yüzden, homoloji iddiası, evrimcilerin ortak ata münasebeti kurmak için geriye kalan tek yoludur. Ancak, bu yol da çıkmaz bir yoldur. Homoloji ve analoji arasındaki ayrımı belirlemek her zaman kolay değildir. Homolog yapılar, hem görünüm hem de fonksiyonel açıdan birbirinden oldukça farklı olabilir (Şekil?4'teki bir yarasa kanadı ile bir atın ön bacağını karşılaştırınız). Öte taraftan, görünüş açısından çok benzer olan ve benzer fonksiyonlar sergileyen yapılar sadece analog olabilir; bu yüzden hem sınıflandırma hem de evrim münasebeti belirlenmesinde önemsiz olabilir. Balıklar ile balinanın vücut şekillerini düşünün. Linnaeus, çalışmalarının başlangıcında, balinaların balık benzeri şekillerinin, homolojik bir benzerlik değil, sadece analojik bir benzerlik olduğunu fark etmeyerek, Cetacea'ları (balinaları), balık olarak sınıflandırmıştır. Taksonomi çalışmalarında çoğu zaman, ilk etapta homolog olarak düşünülen şaşırtıcı yapı benzerliklerin daha sonra sadece analog oldukları belirlenmiştir. Birçok yapı da aslında homolog ve analog karışımıdır.
Canlılarda kendini gösteren mükemmel sanat; yarattığı canlının gıdasını, silâhını, yaşayacağı çevreye ait ihtiyaçlarını ve ekosistemdeki yerini, en ince teferruatına kadar bilen sonsuz ilim ve kudret sahibi bir Yaratıcı'ya verilmediği müddetçe, akılsız ve şuursuz evrim mekanizmalarıyla, tabiat kuvvetleriyle veya maddî sebeplerle izah edilemez. Bütün bunlar, bırakın bir canlı organizmayı; bir hücreyi, bir organeli, hattâ kompleks bir proteini bile meydana getiremez.
